Arrêt fonction publique : droits, démarches et salaire réel

Vous êtes fonctionnaire, cloué au lit par une grippe carabinée ou vous anticipez un arrêt plus long ? Le nouveau cadre 2025-2026, avec ses sigles, ses décrets et ses demi-traitements, n’a rien d’une lecture détente. Combien allez-vous réellement percevoir ? Qui faut-il alerter, et sous quel délai ? Autant de questions auxquelles ce dossier répond pas à pas.

Au programme : un panorama complet des différents congés, la rémunération que vous pouvez espérer, les effets concrets de la réforme, le calendrier des démarches et, cerise sur le gâteau, des exemples chiffrés pour visualiser l’impact sur votre fiche de paie.

1. Arrêt maladie dans la fonction publique : définition, catégories et cadre légal

1.1 Comprendre les nuances : arrêt ordinaire, longue maladie ou longue durée ?

En droit public, « l’arrêt maladie » se décline en plusieurs régimes, chacun avec ses propres règles et surtout, sa rémunération. Petit tour d’horizon.

• Congé de maladie ordinaire (CMO)
  – Pour les bobos ou coups durs « classiques » : grippe, lombalgie, burn-out non reconnu, etc.
  – Limité à un an, en une seule fois ou par tranches.
  – Rémunération évolutive : plein traitement, puis demi-traitement (voir section 2).
• Congé de longue maladie (CLM)
  – Réservé aux pathologies graves nécessitant des soins prolongés et une impossibilité de travailler.
  – Liste indicative : cancers, maladies chroniques lourdes…
  – Durée maxi : 3 ans (1 an à plein, 2 ans à demi-traitement).
  – Accordé après l’avis du conseil médical.
• Congé de longue durée (CLD)
  – Ne concerne que 5 affections : tuberculose, poliomyélite, cancer, maladie mentale, déficit immunitaire grave et acquis.
  – Jusqu’à 5 ans (3 ans plein traitement, 2 ans demi).
  – Un seul CLD par pathologie au cours d’une carrière.
• CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service)
  – Accident de service ou maladie professionnelle reconnue.
  – Paiement au plein traitement sans jour de carence et remboursement des frais liés.

En clair : identifier le bon régime n’est pas un détail, c’est ce qui conditionne vos droits et votre rémunération.

1.2 Les textes qui encadrent vos droits (Code général de la FP, décret 2025-812)

Votre arrêt s’appuie sur plusieurs sources :

• Code général de la fonction publique, rubrique « congés pour raison de santé ».
• Décret n° 86-442 pour la fonction publique d’État, et ses équivalents territorial et hospitalier.
• Réforme 2025-2026
  – Décret 2025-812 : nouvelle grille de rémunération et test de la téléconsultation obligatoire pour certains arrêts courts.
  – Décrets 2025-197 et 198 : nouveau calendrier de passage au demi-traitement.

Chaque versant (État, territorial, hospitalier) conserve ses spécificités, mais les grands principes – jour de carence, CMO, temps partiel thérapeutique – restent proches.

1.3 Qui décide de quoi ? Médecins, conseil médical, RH

Plusieurs acteurs gravitent autour de votre arrêt ; mieux vaut savoir qui fait quoi :

• Médecin traitant : prescrit l’arrêt, propose CLM ou TPT, assure les prolongations.
• Médecin agréé / de prévention : missionné par l’administration pour contrôler la réalité médicale, surtout au-delà de six mois d’arrêt ou pour les demandes CLM/CLD, TPT long, CITIS complexe.
• Conseil médical (ex-comité médical) : rend un avis – quasi toujours suivi – sur CLM, CLD, mises en disponibilité d’office, etc.
• Service RH : enregistre l’arrêt, calcule traitement, primes, SFT, et répond à vos questions pratico-pratiques.

2. Rémunération et indemnisations : comment serez-vous payé ?

2.1 Jour de carence & maintien du traitement indiciaire

Première interrogation qui revient sans cesse : « Comment ma paie est-elle calculée pendant l’arrêt ? » Voici les briques de votre rémunération :

• Traitement indiciaire brut (TIB)
• Éventuelle NBI
• Supplément familial de traitement (SFT)
• Primes et indemnités (IFTS, RIFSEEP, primes de service…)

En CMO, le schéma est le suivant :

• Jour de carence : le premier jour n’est pas payé. Il saute en CLM, CLD, CITIS ou si vous retombez malade de la même pathologie dans les 48 h.
• Maintien du traitement indiciaire : après la carence, le TIB + SFT continue de tomber. Les primes, elles, peuvent être maintenues, amputées ou stoppées, selon leur nature et les règles de votre employeur.

Contrairement au privé, pas d’IJSS visibles sur votre compte : l’administration vous verse directement le traitement, puis se fait rembourser en coulisses.

2.2 Quand bascule-t-on au demi-traitement ? Les seuils

Question cruciale : « Au bout de combien de temps je passe à 50 % ? » Depuis la réforme :

• Plein traitement à 90 % du TIB pendant environ 90 jours de CMO, calculés sur 12 mois glissants.
• Au-delà, vous tombez à 50 % du TIB, dans la limite d’un an de CMO (3 mois 90 % + 9 mois 50 %).

CLM : 1 an plein, 2 ans demi. CLD : 3 ans plein, 2 ans demi. Votre RH suit les compteurs ; le basculement est automatique si aucune autre mesure n’est enclenchée.

2.3 SFT, primes, prévoyance : ce qui bouge ou non

Toutes les composantes de votre fiche de paie ne réagissent pas de la même façon :

• SFT : intact, même au demi-traitement.
• Primes « présence » (heures sup’, sujétion, week-end) : généralement stoppées.
• Primes forfaitaires (RIFSEEP, IFTS) : traitement variable, parfois proratisées.
• IJSS : inexistantes pour les titulaires, déterminantes pour les contractuels.
• Prévoyance facultative : si vous avez souscrit, elle peut compenser la chute de revenu au demi-traitement.

Moralité : dès que l’arrêt s’éternise ou entame vos primes, la perte de salaire devient réelle.

3. Nouvelle loi 2025-2026 : ce qui bouge pour les agents

3.1 Deuxième jour de carence ? Pour l’instant, non

La rumeur d’un carence de 2 ou 3 jours a agité les couloirs. À la date de début 2026, un seul jour subsiste. L’attention se porte plutôt sur le contrôle des arrêts courts, le télétravail et le TPT.

3.2 Téléconsultation obligatoire pour les arrêts éclairs

Le décret 2025-812 teste une nouveauté : pour un arrêt de moins de 4 jours, certains secteurs (éducation, hôpital…) peuvent exiger une téléconsultation en première intention. Pas de télémédecine = arrêt potentiellement refusé. Gardez donc un œil sur les consignes internes de votre service.

3.3 Contrôles médicaux renforcés et sanctions

La réforme muscle aussi le contrôle :

• Visites plus fréquentes chez le médecin agréé, par ex. après 90 jours d’arrêts cumulés.
• Contrôles inopinés à domicile (heures de sortie scrutées).
• En cas de contrôle défavorable : suspension de traitement, reprise imposée, voire procédure disciplinaire en cas de fraude.

4. Démarches pratiques : déclarer, prolonger, reprendre

4.1 Déclarer l’arrêt : tic-tac, 48 h

Dès le premier jour :

• Chez le médecin : il vous remet l’arrêt, plusieurs volets à la clé.
• Vers l’employeur : les volets dédiés partent sous 48 h (courrier, dépôt, dématérialisation…). Tout retard répété peut coûter cher.
• Vers la CPAM : inutile pour un titulaire (souvent automatisé), indispensable pour un contractuel.

Arrêt lié à un accident de service ou une maladie pro ? Signalez-le sans tarder pour enclencher le CITIS.

4.2 Prolongation, visite de reprise : qui fait quoi ?

Prolonger ? Votre médecin, ou un spécialiste, mentionne clairement « prolongation » et vous renvoyez le tout sous 48 h.
Reprise ? Une visite est obligatoire après :

• un congé maternité,
• un arrêt ≥ 30 jours pour accident de service ou maladie pro,
• un arrêt long (souvent ≥ 60 jours selon les versants).

Cette entrevue avec le médecin de prévention valide votre aptitude, propose un aménagement de poste ou un temps partiel thérapeutique, voire un reclassement.

4.3 TPT, aménagement, télétravail : les alternatives

• Temps partiel thérapeutique : reprise à 50–90 % tout en gardant le plein traitement, dans la limite de 12 mois. Nécessite certificat médical et feu vert de l’administration.
• Aménagement de poste : horaires allégés, tâches adaptées, mobilier spécifique… proposé par le service de santé au travail.
• Télétravail : impossible pendant un arrêt (travailler = plus en arrêt). En revanche, très utile pour un retour progressif.

5. Conséquences financières et carrière : quelle perte réelle ?

5.1 Simuler la baisse de salaire

Même avec un filet de sécurité, l’arrêt finit souvent par rogner le budget :

• 1 jour de carence,
• 90 % puis 50 % du TIB en CMO,
• primes partiellement ou totalement suspendues.

Exemple simplifié, agent à 2 000 € de TIB, 300 € de primes, SFT 50 € :

• Arrêt 5 jours : 1 jour non payé + 4 jours à 90 % → –120 € (~) de TIB, –50 € de primes.
• Arrêt 3 mois : –200 € de TIB / mois + –300 € de primes / mois → perte ≈ 500 € mensuels.
• Arrêt 6 mois : 3 mois à 90 %, 3 mois à 50 % → jusqu’à –1 000 € de TIB + –300 € de primes par mois sur la seconde période.

Un tableur ou un simulateur dédié (grade, primes, durée, type de congé) reste le meilleur moyen d’anticiper.

5.2 Retraite et avancement : le long terme

• Retraite de base : CMO, CLM, CLD comptent comme service effectif. Même au demi-traitement, la durée est validée.
• Retraite complémentaire (RAFP…) : moins de primes = moins de points.
• Carrière : l’avancement d’échelon continue, mais certaines promotions peuvent glisser. Des arrêts répétés ou un CLD prolongé peuvent mener à un reclassement, voire à une retraite pour invalidité.

5.3 Réduire la casse financière : quelques pistes

• Prévoyance : un bon contrat « maintien de salaire » peut compenser le demi-traitement.
• Choisir le bon congé : pathologie grave ? Demander un CLM ou CLD, plus protecteurs. Accident ou maladie pro ? Viser le CITIS.
• TPT : un retour partiel permet de toucher le plein traitement tout en se réadaptant.
• Dialogue avec la RH : exigez une simulation, clarifiez le sort de vos primes, anticipez la date du demi-traitement.

Conclusion : les réflexes à cultiver

Un arrêt n’est jamais anodin. Entre carence, demi-traitement, primes en berne et répercussions sur la retraite, le manque à gagner peut vite grimper.

• Identifiez le bon congé dès le départ avec votre médecin.
• Respectez à la lettre les délais d’envoi (48 h).
• Demandez une projection chiffrée à votre RH avant toute prolongation.
• Envisagez les alternatives : TPT, aménagement, reclassement.
• Pensez long terme : prévoyance, points retraite, suivi santé-travail.

Besoin d’y voir encore plus clair ? Un simulateur personnalisé – grade, primes, durée, type de congé – reste l’outil le plus rapide pour savoir ce que vous percevrez réellement et ajuster votre stratégie financière.

Bertrand De labbey

Bertrand, rédacteur chevronné, explore l’univers du gaming avec une attention particulière aux nouvelles sorties et aux stratégies de jeu. Il offre un point de vue éclairé sur les évolutions du secteur et les impacts sur la culture numérique.